1、取得方式不同：棚户区内将要被改造拆迁的住房，是依法拥有被拆迁房屋的所有权。经济适用房是申购人符合低收入条件并公示后购买所得。

2、交易条件不同：大多数棚改房是没有房产证的，相较于经济适用房，棚改房不能过户，所以棚改房一般是不允许出售的;经济适用房在购买后既有房产证，也能过户。而如果棚改房想要有房产证，就要满5年后自行缴纳土地出让金和其他相关税费，但是有些地区的政府的相关政策原因，棚改安置房即使满了5年，也是不能上市出售的。

3、处分权利大小不同：棚改房所有人可以自行决定房屋是自用还是出租;经济适用房仅能为自住。

4、取得是否存在对价不同：棚改房一般都是被拆迁房屋置换所得;经济适用房具有很强的福利保障性质，政府让渡了一部分收益给申购人，申购人支付的价格远远低于市场价格。